docs(#549): freeze S0 model/runtime dependency inventory - #570

Summary

#549 的模型／runtime 分離設計需要先固定現行依賴與驗證邊界。本 PR 提交 S0 盤點快照：66 筆依賴記錄（61 present／5 unavailable）、17 個 runtime surfaces、N01–N06 unchanged-model baseline，以及 G01–G07 existing-vs-missing 設計輸入。

新增兩份盤點文件 docs/reference/model_runtime_inventory_549.md 與同名 JSON，並在 docs/reference/README.md 加入 reference index 列。P04 明確標為 Python teacher／temporal／gated／JDE；snapshot JSON 不是 S1 model bundle／loader schema。Source baseline：b56ad9f4cd4d982fc3f0b293206a32f7c8675332（#569 合併後）。

Refs #549。S0 最終驗收與 merge 等待正式 PR 審查；#549 保持 open。S1／S2 未授權，#547 的 local-only／owner_confirmation=null 不變。

Review 修訂（62ec2579、e5685dd6）

逐項複查 code review 的 8 項 findings，全部成立並修正；只動上述三個文件：

• 漏列 runtime default：新增 A066 models/yolo/yolo26n_native.engine（src/main.cpp:21 寫死，SACCADE_WITH_OPENCV=ON 才建置的 saccade_node；本機 unavailable，不以同名檔替代）與 surface P03b。其餘 source 字面值掃描的未列項只有 docstring 範例。
• 權利證據對象：每筆 licence 加 category／audit_item。只有 N01／N02／N05 的 audit_item 是 M-1（M-1 scope＝shipped model root）；model root 外的 YOLO 血統只引 ADR 023:27；embedding／ReID、learned policy JSON、operator binary、metadata 為 audit_item: null，如實記錄 [465 follow-up] Public distribution readiness: licence decisions, release key, publish decision #547 目前沒有稽核項目追蹤。是否開立新項目由 [465 follow-up] Public distribution readiness: licence decisions, release key, publish decision #547 owner 決定，本 PR 不代為處理。
• reference_only 指標：12 筆改指向實際命名它們的檔案／行（N04／N05、各 MANIFEST runtime_identity／pins／licenses 區塊等），並加 reference_basis。A009 沒有 checked-in 檔案提及，改用 git_refs（ea619545 發布、b24c27f8 歸檔）。
• 可重播性：§7 replay 改為 committed 的完整檢查（present bytes／SHA、每個不重複 source ref 的檔案與行號範圍、git_refs、§2 native 表六列 vs JSON），用 .venv/bin/python，raw output 寫入 results/549_s0_inventory/<時戳>/。JSON 註明原 snapshot 的 101 是含重複的 reference 次數（不重複 71）；原 snapshot raw report 不改寫。
• 重播失敗彙總（e5685dd6，正式審查 P3）：§7 replay 改在 subshell 內累積各步 exit status，結尾印出 overall exit N 並以其結束；各步仍全部執行並記錄。
• 小修：A052 consumer 描述（無 configs/ preset 使用，改列實際 eval／training 腳本）、A062 行號統一為 :43-71。

Behavior change?

• No — documentation only；模型、runtime、shipping、configs、identity publication、license audit 皆未改動。
• Yes

未改 decision layer、檢查工具、CI workflows 或 required checks。

Evidence scope

模型與 raw reports 仍在 gitignored 的 models/、runs/、build/、results/。記錄的檔案身分與 static 檢查屬 local-only evidence；本 PR 不攜帶模型／raw-report bytes，不能視為 clean-checkout reproducible evidence、CI 模型重播、GPU parity 重跑、來源認證或權利批准。

原 snapshot 的 raw-report paths／SHA 保留不改寫；PR 修訂後的檢查在此另記。Identity checker 未重算 host-specific environment、legacy runtime inputs 或 probe；equivalence=unproven 不變。

Test plan

• 本機獨立 byte／metadata 核對：61/61 present files 大小／SHA 相符；4 unavailable 仍 absent；65 artifact IDs／paths與16 surface IDs唯一；101 source references有效；六份 retained validation reports的大小／SHA相符。
• 本機 installed check_shipping_bundle.py static --manifest：13/13 PASS；只讀 static檢查，沒有runtime／GPU replay。
• check_doc_links.py：3036 relative links resolve。
• check_doc_structure.py --strict：PASS；兩個既有 research index warnings保留。
• check_runtime_identity_staleness.py --mode attested：exit 0，保留上述未重算範圍。
• git diff --check：PASS。
• Committed-head d0dbeaedd1c2eb6e130d3637f510949ca7b8bfde：以 tools/resctl.py run --wait cpu-heavy 執行完整 scripts/pre_push.sh，exit 0；pytest 5450 passed、52 skipped、105 deselected、5 xfailed；working tree clean。無 C++／determinism-sensitive changes，對應 build／continuous chain 未觸發。
• Exact-head 獨立本機文件審查：PASS，限 documentation scope；不代表 owner S0 acceptance。
• Review 修訂後本機 replay（results/549_s0_inventory/20261010T171218/，從 §7 原文抽出執行）：artifact replay、static、doc links、doc structure、runtime identity、whitespace 六步皆 exit 0。66 artifacts／61 present 身分相符；96 個不重複 source refs 的檔案與行號範圍有效；2 個 git refs 存在；native 表 6 列一致。Static --manifest 13/13 PASS，report 與原 snapshot 位元組相同（SHA fa6fc461…）。Doc links 3039 resolve；doc structure 仍只有兩個既有 warnings。
• Replay 負控制（scratch 複本）：竄改 1 個 SHA、1 個行號範圍、1 個 git ref、1 列 native 表，四項皆被報出，exit 1。
• Committed-head 62ec25799067173a3855102ab560c8d69a128e0b：直接執行完整 scripts/pre_push.sh（未經 resctl），exit 0；pytest 5450 passed、52 skipped、105 deselected、5 xfailed；無 C++／determinism-sensitive changes。
• P3 修正後（e5685dd6）從 §7 原文抽出 replay，bash 與 zsh 各跑一次：六步與 overall exit 皆 0，整段 exit 0（results/549_s0_inventory/20261010T175308/、20261010T175320/）。負控制：artifact replay 失敗（竄改複本）與中間步驟失敗（doc_links 換成 false）時，後續步驟仍執行且最後一步成功，整段仍 exit 1，bash／zsh 皆同。
• Committed-head e5685dd6：直接執行完整 scripts/pre_push.sh（未經 resctl），exit 0；pytest 5450 passed、52 skipped、105 deselected、5 xfailed。
• Remote CI（62ec2579）：contracts、pytest、mypy、ruff、lint-typecheck、lockfile、shipping-config-loader 7/7 pass。
• Remote CI：e5685dd6 執行中。
• Owner S0 final acceptance／merge review。

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